Per quanto riguarda le acque di fiumi e torrenti, dai dati della ricerca dell’Arpa emerge che nel 2004 la qualità del Secchia e Panaro si è confermata buona in montagna e in collina, mentre la situazione tende peggiorare nei tratti di pianura, pur rimanendo ad un livello di classificazione sufficiente. Buona anche la qualità dei laghi di montagna come il lago Santo, Baccio, Turchino e Scaffaiolo.

Il Panaro rimane di buona qualità fino al ponte di S.Ambrogio a Modena, poi da Bomporto scende a livello di sufficiente, anche se nel 2004 in alcune centraline di pianura sono stati rilevati segnali di miglioramento.

Analogo l’andamento del Secchia che presenta valori buoni lungo i torrenti Dolo e Cerredolo per poi peggiorare in pianura. E’ stata rilevata anche una tendenza al miglioramento delle acque di alcuni affluenti come il torrente Fossa che riceve gran parte degli scarichi di Sassuolo e Fiorano.

Tra le novità spicca anche il miglioramento delle acque del canale Naviglio a Modena, il quale resta però uno dei corsi d’acqua più inquinati nel modenese nonostante la presenza del depuratore.

Comunque per tutti i corsi d’acqua nel modenese resta il divieto assoluto di balneazione.

Tra i cosiddetti "fattori di pressione" che contribuiscono ad aumentare i carichi inquinanti ci sono soprattutto gli scarichi autorizzati: 83 depuratori, 184 scarichi industriali (soprattutto acque dei settori alimentare, cartiero e estrattivo che però devono rispondere a precisi standard di qualità) e 447 scolmatori che permettono di scaricare nei fiumi e nei canali le acque reflue del sistema fognario in caso di forti piogge.