Le domande al Fondo innovazione saranno valutate su fattibilità, innovazione e addizionalità del progetto da un comitato tecnico in 45 giorni. Le banche che hanno aderito al Fondo (Unicredit Banca, Banca popolare dell'Emilia Romagna, Banca Popolare di Verona - San Geminiano e San Prospero), insieme ai consorzi fidi valuteranno invece l'affidabilità e la finanziabilità dell'impresa.

I Consorzi fidi locali dell'artigianato e industria aderenti al Fondo (Cofim Confidi Modena e Unifidi Emilia Romagna) concorrono, con garanzie del 30 e del 50 per cento del finanziamento, a ridurre i tassi di interesse finali. Inoltre, grazie ad un'intesa formalizzata con la nascita del Modena Confidi Network, i consorzi garanzia fidi hanno attivato una stretta cooperazione per la gestione del Fondo, affidata a Cofim, e per l'assistenza alle imprese.

Per essere ammesse al finanziamento, le imprese devono superare entrambe le fasi di valutazione: quella sul contenuto tecnico di innovazione, grado di fattibilità e addizionalità del progetto condotta dal Comitato tecnico di valutazione;  una seconda fase sulla fattibilità e affidabilità finanziaria da parte di banca e confidi.

Una volta avuta la comunicazione di aver superato entrambi gli step di valutazione, l'impresa ha tempo 12 mesi (più un'eventuale proroga di sei) per realizzare e concludere il progetto e rendicontare le spese. L'erogazione del mutuo avviene ad avvenuta realizzazione del progetto, dopo l'esame della documentazione di spesa. L'impresa ha comunque la possibilità di richiedere alla banca e confidi prescelti un pre-finanziamento, alle medesime condizioni e senza oneri accessori. Sono inoltre ammesse spese già sostenute nei sei mesi precedenti la presentazione della domanda, per un importo non superiore al 30 per cento del totale del progetto.