L’isolato dove sorge la caserma Fanti ha ospitato fin dal X secolo l’insediamento religioso di San Pietro, affidato ai monaci Benedettini della Badia di Nonantola. Era fuori dalle mura di Modena fino al 1188, quanto la nuova cinta lo inglobò nella città. Nel 1142 il vescovo Ribaldo dona ai monaci un luogo per fabbricarvi un mulino, là dove oggi sorge la palazzina in angolo tra via Saragozza e viale Rimembranze.

Nel 1506 iniziano i lavori di costruzione del nuovo monastero a fianco della chiesa. Intorno alla metà del Seicento il monastero alloggia a più riprese truppe di soldati. Una parte dell’orto e del mulino viene successivamente venduta per fabbricarvi un filatoio di seta e, più tardi, l’Ospizio dei Poveri. Nel 1796 viene soppresso il monastero dei Benedettini ed i locali vengono utilizzati come caserma, prima destinata alle truppe di passaggio e poi trasformata in "Caserma di Cavalleria".

Nel 1818 il Duca Francesco IV richiama a Modena i Benedettini, ma concede loro come sede solo una porzione dell’abbazia; le altre parti sono destinate ad usi diversi. Tre anni dopo il duca fonda l’Accademia Nobile Militare Estense destinata a formare gli ufficiali e i consiglieri di Stato. Quindi si costituisce il "Corpo dei Pionieri" con sede nel fabbricato che ospitava il filatoio, ad ovest del monastero che viene ampliato e ristrutturato su progetto di Sigismondo Ferrari, e, alla sua morte, dal prof. Sante Cavani. L’edificio era strutturato in un corpo centrale a due ali ortogonali attigue, una delle quali aveva inglobato le preesistenti costruzioni su via Saragozza.

Qualche anno dopo la caserma ospita anche, nel corpo centrale, la Scuola dei Cadetti Matematici Pionieri, prima scuola militare di applicazione tecnico-scientifica in Europa. Intorno alla metà dell’Ottocento l’edificio subisce alcune trasformazioni.

Con la caduta del Ducato Estense, nel 1859, Luigi Carlo Farini insieme al ministro della Guerra Manfredo Fanti e a Camillo Fontanelli emana il decreto di chiusura dell’Accademia Militare Estense e crea una Scuola di Fanteria di livello nazionale, con sede nell’ex caserma dei Pionieri. Nel 1863 la scuola milutare viene trasferita a Palazzo Ducale, la caserma San Pietro viene ristrutturata e dal 1890 risulta esservi collocato il Distretto militare. Funzione, questa, che manterrà fino al 1996, anno del trasferimento a Bologna.