Le origini dell'istituto San Filippo Neri risalgono al 1549, quando il Cardinal Morone fondò l'Orfanatrofio di San Bernardino.

Agli inizi dell'800, grazie all'iniziativa di alcuni modenesi con la missione di promuovere la cultura e la professionalità degli adolescenti, il San Filippo Neri viene annesso nel 1817, dal duca Francesco IV, all'orfanotrofio e il fabbricato dell'ex convento delle Orsoline in via S. Orsola diventa sede dell'istituto.

Con regio decreto del 1 ottobre 1865 la struttura passa alle dipendenze della Provincia di Modena, per dedicarsi non solo all'assistenza degli orfani ma anche all'istruzione e alla formazione lavorativa dei giovani, grazie anche ai laboratori di falegnameria, fabbro, fonderia e tornitura, sartoria, calzoleria, legatoria e verniciatura da cui escono gran parte di quegli artigiani ed operai specializzati che diventano i protagonisti del comparto artigianale e industriale di Modena.

Nel 1966 l'istituto è stato uno dei primi in Italia ad attivare "gruppi famiglia" per bambini che frequentano le elementari e, nel 1971, è nato il collegio misto, con la predisposizione di un reparto femminile.

Dagli anni 70 l'istituto cambia finalità ed offre servizi rivolti prevalentemente agli studenti per agevolare la frequenza nelle scuole della città dei ragazzi della montagna e della provincia arrivando a ospitare una media di 200 studenti ogni anno.

Con lo sviluppo del decentramento scolastico il San Filippo Neri cambia ancora finalità e dal 2008 è divenuto Fondazione continuando l'opera di ospitalità, rivolta oggi anche agli studenti universitari, e le attività educative e formative per i ragazzi e le famiglie.