L'Ente è il nuovo Ente pubblico che gestisce i Parchi Regionali dell'Alto Appennino Modenese (Parco del Frignano), dei Sassi di Roccamalatina, e la Riserva Fluviale del Fiume Secchia.

Questo nuovo sistema di "governance" delle Aree Naturali Protette della Regione Emilia Romagna è stato sancito con l'approvazione, da parte dell'Assemblea Legislativa, della Legge Regionale n.24 del 23.12.2011.

La Regione ha deciso per una gestione basata su cinque macro-aree: Emilia Occidentale, Emilia Centrale, Emilia Orientale, Delta del Po, Romagna.

Ogni macro-area ha un Ente gestore per i parchi e la biodiversità , a cui partecipano i Comuni il cui territorio è incluso nel perimetro di un parco, anche solo parzialmente, e le Province interessate da parchi, riserve o da siti della "Rete Natura 2000".