A un più ampio problema storico fa riferimento il Museo al deportato politico e razziale, sistemato in un'ala del palazzo dei Pio a Carpi. Le sale contengono carte geografiche con l'indicazione dei campi di concentramento e di sterminio nazisti; inoltre, con funzione monumentale, in un cortile interno sorgono steli su cui sono scritti i nomi di quei campi. La testimonianza degli eventi è affidata agli oggetti presentati in teche e alle fotografie. Di rilievo sono i graffiti, eseguiti in tricromia sulle pareti, su disegni di Guttuso, Leger, Cagli e Picasso, ispirati al tema delle persecuzioni operate dai nazisti. Sempre con la tecnica del graffito sono incisi, su alcune pareti, brani di lettere di condannati a morte della Resistenza europea, scelte tra quelle in cui prevalgono i toni della speranza e, nonostante tutto, della fiducia nell'uomo. Non manca, però, un preciso avvertimento profetico nella citazione di un noto brano di B. Brecht:

«E voi, imparate che occorre vedere
e non guardare in aria; occorre agire
e non parlare. Questo mostro stava,
una volta, per governare il mondo!
I popoli lo spensero, ma
ora non cantiamo vittoria troppo presto:
il grembo da cui nacque è ancor fecondo».

C'è poi una sala, con la copertura costituita da volte a crociera, rivestita dalle pareti al soffitto con i nomi dei deportati morti nei campi nazisti: il ricordo dei caduti acquisisce così una grande forza emotiva.