Fu in seguito a un decreto del duca estense Francesco IV che nel 1828 si decise di raccogliere nel loggiato del Palazzo dei Musei tutte quelle testimonianze dell'epoca romana che erano affiorate alla luce durante i secoli, a partire da quando, nel XII secolo, si scavò per reperire materiali utili alla edificazione del Duomo e della Ghirlandina. Proprio in questa occasione i lavori si concentrarono nella zona dell'attuale piazza Matteotti, sede di una necropoli romana: si deve anche a ciò l'ampia presenza, nel Museo Lapidario, di sarcofagi e tombe, che sono spesso di grosse dimensioni, con tetti coperti ad embrici e tegole o a squame.