En 1663 la veuve du duc Alphonse IV d'Este fit agrandir et réaménager de fond en comble la vieille église de Sant'Agostino (piazzale Sant'Agostino), son intention étant de la transformer en Panthéon pour la famille d'Este. L'église dont le corps jouxte le Palais des Musées présente une façade très sobre en terre cuite. Seul le long flanc gauche conserve, dans ses arcatures et son décor en dents de scie et en T réalisé en briques, quelques traces de l'église gothique originaire fortement agrandie. L'intérieur maintient le plan prévu par les ducs d'Este vers la moitié du XVIIe siècle. Il se base sur des critères scénographiques grandioses et donne d'emblée une impression de majesté suggérée par le déroulement de la longue nef unique, soulignée par l'envolée du plafond à caissons, entièrement peint avec des scènes à la gloire de la famille d'Este. L'élégante quiétude intérieure est accentuée par la luminosité qui ruisselle des larges fenêtres ouvertes des deux côtés et dans l'abside; l'atmosphère générale de clarté est soutenue par un grand nombre de stucs imitant la blancheur du marbre et par le pavement, lui aussi resplendissant. La perspective efface les chapelles qui découvrent toutefois à la vue leurs décorations luxueuses lorsqu'on avance vers l'autel.

Contrairement aux souhaits de la duchesse Laura Martinozzi, c'est l'église San Vincenzo (Corso Canalgrande) qui est devenue le Panthéon des Este. Les colonnes en marbre et les faux piliers en relief sur fond de terre cuite rendent imposante sa façade surmontée d'un fronton triangulaire. L'intérieur du Panthéon des Este a quelques points communs avec l'église Sant'Agostino: une seule nef, très lumineuse grâce aux fenêtres des bas-côtés et aux fenêtres quadrilobées de la coupole. Par contre, si l'on perçoit en entrant dans l'église Sant'Agostino le luxe tempéré par l'élégance, l'église San Vincenzo laisse une impression froide d'un vide immense. Vers l'autel les tombeaux de quelques membres de la famille d'Este, ornés de marbres sculptés avec une "froideur" hautaine, accentuent l'atmosphère de solennité sépulcrale. A droite, au fond de l'église, on accède à la Chapelle mortuaire (où sont ensevelis seize ducs) construite bien plus tard, en 1838.