Im Jahre 1663 ließ die Witwe des Herzogs Alfonso IV die alte Kirche Sant'Agostino [am Piazzale Sant'Agostino] vergrößern und von Grund auf umbauen, um sie in ein Pantheon der Este umzuwandeln. Die Kirche, deren Baukörper direkt an den Palazzo dei Musei angrenzt, besitzt eine sehr schlichte Ziegelsteinfassade. Nur die kleinen Blendbögen und die sägezahnartigen und T-förmigen Backstein-Dekorationen an der langgestreckten linken Seitenwand sind noch Reste der ursprünglich gotischen, dann vollständig erneuerten Kirche. Im Inneren ist noch die etwa in der Mitte des 17. Jahrhunderts von den Herzögen von Este vorgesehene Gliederung zu sehen. Sie erfüllt wichtige Kriterien hinsichtlich der Wirkung auf den Besucher: Sie beeindruckt auf den ersten Blick mit ihrem langen Einzelschiff, das von der Flucht der vollständig ausgemalten Kassettendecke betont wird, welche die Verherrlichung des Geschlechts der Este zum Thema hat. Das Licht, das aus den breiten Wandöffnungen zu beiden Seiten sowie in der Apsis dringt, unterstreicht die vornehme Ruhe im Kircheninneren. Verstärkt wird diese Helligkeit des gesamten Innenraumes noch durch die vielen Stukkaturen, die weißen Marmor imitieren, sowie durch den ebenfalls hellen Fußboden. Die perspektivische Flucht macht die Kapellen unsichtbar, deren überreiche Ausschmückungen der Besucher jedoch erst langsam entdeckt, während er sich dem Altar nähert.

Entgegen dem Willen der Herzogin Laura Martinozzi wurde die Kirche San Vincenzo [im Corso Canalgrande] zum Pantheon der Este. Ihre von einem Dreiecksgiebel gekrönte Fassade beeindruckt auf Grund der Marmorsäulen und der auf den Backsteinen erkennbaren Scheinpfeiler. Der Innenraum des Pantheons der Este hat mit der Kirche Sant'Agostino die einschiffige Struktur, die große Helligkeit, die den Fenstern zu beiden Seiten sowie dem Vierpaß-Fenster der Kuppel zu verdanken ist, gemeinsam. Aber während die Pracht der Kirche Sant'Agostino von der Eleganz gemäßigt wird, hat man in San Vincenzo das kalte Gefühl leerer Weite. Diese düstere Atmosphäre wird, je mehr man sich dem Altar nähert, von den Gräbern einiger Mitglieder der Familie Este noch verstärkt, die mit skulpierten Marmorelementen von kalter Formvollendung dekoriert sind. Rechts, im hinteren Teil der Kirche, befindet sich der Eingang der 1838, also sehr viel später erbauten Totenkapelle [hier sind 16 Herzöge begraben].