Nel 1997 è stata realizzata la prima indagine sui musei modenesi finalizzata alla creazione di un Sistema Museale Provinciale, che favorisse la qualificazione, la promozione e la valorizzazione delle realtà museali - quasi sessanta - del territorio; successivamente è stato elaborato uno studio per individuare l'insieme degli elementi necessari alla fondazione del Sistema, che ha riguardato, in particolare, le finalità, le azioni, gli strumenti, le forme di finanziamento, le ipotesi di formalizzazione e un'analisi operativa per la sua concreta attuazione.
Della Rete fanno parte attualmente quasi una trentina di musei comunali, dodici privati, otto musei universitari, due provinciali, uno statale, quattro a gestione mista e quattro ecclesiastici, che collaborano alle attività del Sistema ma non hanno aderito ufficialmente, perché attendono una convenzione speciale.

I musei cittadini costituiscono il nucleo più ricco e composito, rappresentato dalle prestigiose raccolte dei duchi d'Este, a cui si affiancano i Musei Civici con i loro materiali storico-artistici, archeologici ed etnologici. Di matrice illuministica la connotazione dei musei universitari, di indirizzo scientifico, alcuni di fondazione locale, che supportano l'attività di studio dei vari istituti. Estremamente interessante e diversificata risulta essere l'articolazione dei musei della provincia, che hanno assunto in questi ultimi anni un peso sempre maggiore, in un percorso di crescita, di trasformazione in senso sociale e, a volte, produttivo.

Il Sistema dunque coinvolge, anche attraverso una specifica convenzione, un numero vasto di soggetti fra loro differenziati per entità, contenuto delle raccolte e dimensione dell'area espositiva, con lo scopo di valorizzare tale ricchezza e di trasformare la peculiarità di ciascun museo in elemento di forza e coesione.