Il Consiglio di amministrazione della Fondazione San Filippo Neri ha la responsabilità   dell'attività   della   Fondazione   e, come recita lo statuto dell'ente, «è  investito   di   tutti   i   poteri deliberativi  di ordinaria e straordinaria  amministrazione per il raggiungimento degli scopi previsti nel presente statuto».

Queste prerogative garantiscono l'autonomia gestionale di un ente che da Ipab, di natura pubblica, di natura pubblica, è stato trasformato in Fondazione con la legge regionale legge regionale n. 34 del 9 dicembre 2002.

La Fondazione San Filippo Neri, quindi, è dotata di completa autonomia gestionale finanziaria, è un ente di natura giuridica privata, senza fini di lucro, previsto all'art. 14 e seguenti del Codice civile, che persegue comunque interessi pubblici e collettivi,  continuando quella attività di accoglienza che da fine '800 viene svolta a favore di studenti.

In questo ambito, Consiglio di amministrazione e presidente hanno tutti i poteri per gestire l'ente secondo lo finalità statutarie.

Il presidente della Provincia, sempre da statuto, nomina il cda e il presidente che restano in carica quattro anni, rinnovabili, e non ha il potere di interferire sulla gestione.