La qualità delle acque dei fiumi e dei torrenti modenesi  si conferma buona in  montagna, mentre in pianura l’acqua di Secchia e Panaro peggiora pur rimanendo ad un livello di classificazione sufficiente; tuttavia in pianura l’acqua del Secchia in alcuni tratti risulta di qualità più scadente rispetto al Panaro. Buona anche la qualità dei laghi di montagna come il lago Santo, Baccio, Turchino e Scaffaiolo. Per quanto riguarda le acque delle falde sotterranee, invece, permane il rischio nitrati, soprattutto per i pozzi nella zona a sud di Modena. E’ questo in sintesi lo stato di salute delle acque superficiali e sotterranee modenesi che emerge dal Quadro conoscitivo contenuto nel Piano di tutela delle acque. I rilievi sono eseguiti attraverso oltre 50 stazioni lungo fiumi e torrenti e  quasi 90 pozzi di acqua potabile tenuti costantemente sotto controllo. Per tutti i corsi d’acqua nel modenese resta comunque il divieto assoluto di balneazione.

Nelle acque sotterranee si è registrato un avanzamento del fronte dei nitrati verso la città di Modena, con il coinvolgimento di alcuni pozzi a Cognento e Formigine, utilizzati da Hera e Aimag per la rete acquedottistica, dove sono stati rilevati livelli oltre i limiti di legge dei nitrati. Critica la situazione anche per un pozzo a S.Cesario. Per tutti gli altri pozzi presenti a Modena, Campogalliano, Castelfranco Emilia, Castelvetro, Maranello, Sassuolo, Spilamberto e Vignola i livelli dei nitrati risultano inferiori ai limiti di legge. 

Come spiega Caldana «non vi sono comunque a tutt’oggi preoccupazioni per la distribuzione di acque all’utenza che viene comunque erogata in perfetta conformità alle caratteristiche qualitative richieste dalle normative igienico-sanitarie. È comunque evidente che per affrontare il problema nitrati occorre un coinvolgimento concreto di tutti i settori e proprio per questo la Provincia propone di costituire uno specifico Tavolo nitrati». 

Tra i cosiddetti “fattori di pressione puntuali” che contribuiscono ad aumentare i carichi inquinanti ci sono soprattutto gli scarichi autorizzati in acque superficiali: 83 depuratori, 184 scarichi industriali (soprattutto acque dei settori alimentare, cartiero e estrattivo che però devono rispondere a precisi standard di qualità) e 447 scolmatori che permettono di evitare le crisi dei sistemi fognari in caso di forti piogge  scaricando nei fiumi e nei canali le acque reflue del sistema fognario in caso di forti piogge.